Miinu kävi Tampereella ruotsinkielistä Finlaysonin tehtaankoulua ennen Kuopioon muuttoaan. Ennen kansakoululaitoksen syntyä patruunoiden ylläpitämät koulut tarjosivat alkuopetusta työväenluokan lapselle. Näissä opittiin kirjoittamaan ja lukemaan, oppikirjoina lähinnä Postillat, Raamattu ja Katekismus.

Kuopiossa Miinu, nyt Minaksi itseään kutsuva, jatkoi ruotsinkielisessä Elise Heintzien pikkulastenkoulussa. Elise Heinzie oli taitava opettaja, mutta koulutarvikkeita ei ollut liiemmin. Kirjoituspaperin ja taulun korvasi matalan laatikon pohjalle levitetty hiekka, johon kirjaimet ja numerot piirrettiin.

Seuraava aste oli kolmivuotinen Soldanin sisarusten, Aleksandran, Augustan ja Edlan pitämä koulu. Koulu oli tarkoitettu vain tytöille. Edla Soldan oli myöhemmin Jyväskylän seminaarissa Minan opettajana.

Korkein opinahjo tytöille Kuopiossa Minan lapsuudessa oli vuonna 1857 perustettu kaksivuotinen ruotsinkielinen valtion tyttökoulu, "Frouvasväen koulu sivistyneimpäin (herraisten) vanhempain tyttäriä varten". Kuopio oli tuolloin hyvin säätytietoinen ja herrasväki ruotsinkielistä. Oli ihme, että kauppias Johnsonin tytär pääsi opiskelemaan kouluun. Minan ystävättären Selma Backlundin vanhemmat eivät olleet yhtä "herraisia", eikä Selmaa huolittu kouluun. Tämä varhainen kokemus yhteiskunnallisesta eriarvoisuudesta pani heidät molemmat taistelemaan myöhemmin tasa-arvoisen koulutuksen ja oikeudenmukaisen yhteiskunnan puolesta.

Vuonna 1860 tyttökoulu muuttui kolmivuotiseksi, joten Mina Johnson ehti käydä sitä kolme vuotta. Kouluaineita olivat raamatunhistoria ja isompi katkismus, yleinen historia ja maantieto, luonnonhistoria ja laskenta, joka käsitti neljä laskutapaa kokonais- ja murtoluvuilla sekä yksinkertaisen päätöslaskun. Opiskeltiin myös saksaa, ranskaa ja venäjää sekä kaunokirjoitusta. Käsitöille oli varattu melkein puolet tunneista. Käsityö ei ollut vilkkaan Minan lempiaine.

Minan koulunkäynnistä tiedetään hyvin vähän. Lucina Hagman kertoo hänen olleen hyvä aineenkirjoittaja, innokas näyttelijä koulun illanvietoissa ja tarinankertoja toveripiirissä. Joissakin Canthin teoksissa, esimerkiksi Hannassa, Lehtori Hellmanin vaimossa ja novellissa "Eräs Puijolla käynti" kirjailija kuvannee omia kouluaikaisia tunnelmia, tuntoja, tovereita ja sattumuksia, lähinnä kesäisiltä loma-ajoilta.

Tyttökoulun jälkeen syksyllä 1863 Mina Johnson aloitti ensimmäisten opiskelijoiden joukossa Jyväskylän vastaperustetun seminaarin, vaikka kauppiasisä oli jo katsellut tyttärelleen aviomiestä. Seminaarissa Mina alkoi käyttää etunimeä Minna.

Seminaarissa opiskeltiin uskontoa, sieluoppia, kasvatusoppia, suomen ja ruotsin kieltä, historiaa, maantiedettä, matematiikkaa, luonnontieteitä, taideaineita, vapaata piirustusta ja kartanpiirtämistä. Tunti päivässä oli voimistelua ja toinen ulkona kävelyä. "Varomattominkin, niin kuin minä, joutuu täällä väkisin pitämään parempaa huolta terveydestään", kirjoitti Minna ystävälleen Ida Grahnille seminaarista kehottaen tätä ulkoilemaan eikä vain ompelemaan. Tätä terveellistä tapaa, voimistella ja kävellä päivittäin, Canth noudatti läpi elämänsä.

Vaikka Minna Johnson joutui keskeyttämään opiskelunsa mentyään naimisiin seminaarin luonnontieteen lehtorin J. F. Canthin kanssa syksyllä 1865, hän oli ehtinyt saada kosketuksen moniin asioihin ja aineisiin, joita tuon ajan naiset eivät olleet kohdanneet missään yhteydessä. Nyt hän tiesi, miten paljon tietoa maailmassa olisi tarjolla myös tytöille ja naisille, jos heille vain annettaisiin mahdollisuus opiskeluun. Hän osasi tarkkailla itseään, toisia naisia ja yhteiskuntaa uudella tavalla ja tuli aikaa myöten raivaamaan tietä tasa-arvoiseen koulutukseen tuleville naissukupolville.